要做好泥鳅池的清塘消毒工作必须分两步进行：第一是池塘的清整工作;第二是药物消毒，以杀灭敌害生物和病原体。一般在鳅苗放养前15天左右，先排干池水，堵塞漏洞，修筑堤埂，铲除池坡杂草，疏通进排水管道。将池塘暴晒4～5天后再用药物消毒。

常用的清塘除野药物有：生石灰、漂白粉、漂白精、三氯异氰尿酸和茶粕。一般用生石灰清塘，具体作法是：池中留5～10cm水，在池中挖一些小坑，将生石灰放入小坑中，生石灰化成浆后立即全池均匀泼洒。每亩池塘用生石灰75kg。泼浇生石灰后第二天用铁耙翻耕池底淤泥。